Không cho vật dụng bằng kim loại hoặc bát đĩa có trang trí hoa văn kim loại vào lò vi sóng, để tránh nguy cơ cháy nổ do phóng tia lửa điện.
Dùng các dụng cụ đựng thức ăn chuyên dụng cho lò vi sóng; không dùng các đĩa chất dẻo thông thường.
Không cho lò hoạt động khi không có thức ăn hoặc nước trong lò; sóng không được hấp thụ bởi thức ăn sẽ tiếp tục được phản xạ qua lại và phá hủy lò. Nên thường xuyên để trong lò một cốc nước, bởi nếu người sử dụng không biết mà bật lò lên thì vẫn an toàn.
Những thức ăn có vỏ hoặc màng mỏng, thể tích bên trong khi nóng lên sẽ có áp suất tăng, dễ gây hiện tượng thức ăn phát nổ. Cần phải xăm lỗ, bốc vỏ để tránh hiện tượng này. Không luộc trứng, sò... còn vỏ kín.
Nếu lò bị rơi, bị bẹp, phải đưa đi kiểm tra xem cửa lò có bị hở không. Ngăn chứa thức ăn phải đảm bảo "độ kín" đối với sóng vi sóng để sóng không lọt ra ngoài.
Khi đun nấu bằng lò vi sóng, cần kiểm tra độ chín đều. Người ta đã phát hiện được vi khuẩn salmonella (gây bệnh đường ruột) trong một số trứng trần đun bằng lò vi sóng, do nhiệt không phân bố đều.
Một số chất độc, có thể gây bệnh nguy hiểm như ung thư, từ bao gói chất dẻo và mực in nhãn bao như adipate, phtalate, benzophenone có thể thôi sang thức ăn đun nấu bằng lò vi sóng. Do đó cần tách bao bì khỏi thức ăn trước khi cho vào lò.
Không dùng lò vi sóng để nấu thịt lợn ướp hoặc thăn lợn hun khói. Những thực phẩm này chứa nhiều nitrit. Nếu được đun bằng lò vi sóng, nitrit sẽ trở thành các nitrosamin - những phân tử có thể gây ung thư rất mạnh.
